Fakultas Peternakan didirikan pada tanggal 26 Oktober 1961 yang kala itu bernama Fakultas Kedokteran Hewan dan Peternakan (FKHP), namun berada dibawah naungan Universitas Airlangga.

Kemudian berdasarkan Keputusan Menteri Perguruan Tinggi dan Ilmu Pengetahuan Republik Indonesia Nomor 1 tahun 1963 tertanggal 5 Januari 1963 menyatakan bahwa Universitas Brawijaya beserta seluruh fakultasnya disahkan statusnya menjadi negeri. Oleh karena itu FKHP yang semula berada di bawah naungan Universitas Airlangga dikembalikan ke Universitas Brawijaya.

Lalu Februari 1972 Perguruan Tinggi Jurusan Perikanan Laut Probolinggo bergabung dengan FKHP sebagai jurusan perikanan. Sehingga FKHP memiliki tiga jurusan yaitu jurusan peternakan, kedokteran hewan, dan perikanan.

Akan tetapi jurusan kedokteran hewan kembali bergabung dengan Universitas Airlangga di Surabaya terhitung mulai bulan Agustus 1972 hingga sekarang. Sedangkan jurusan perikanan memperoleh status sebagai Fakultas Perikanan Universitas Brawijaya melalui SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan tahun 1983.

Sehingga  FKHP hanya memiliki satu jurusan yaitu jurusan peternakan, dan berubah nama menjadi Fakultas Peternakan (FAPET), yang dituangkan pada SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 0220/B/1973 tanggal 3 Desember 1973.

Pada tahun 1984 Fapet menyelenggarakan dua jurusan yaitu jurusan produksi ternak dan jurusan nutrisi dan makanan ternak. Serta memiliki tiga program studi yakni program studi reproduksi dan pemuliaan ternak, program studi teknologi hasil ternak, dan program studi sosial ekonomi peternakan.

Pertengahan tahun 1995 Fapet membuka program Diploma Tiga Tahun (D3) Peternakan. Dilanjutkan pembentukan program sarjana (S1) ekstensi pada tahun berikutnya. Dengan empat program studi, antara lain program studi produksi ternak, program studi nutrisi dan makanan ternak, program studi teknologi hasil ternak, dan program studi sosial ekonomi peternakan. Namun program D3 dan S1 ekstensi digabungkan dengan Pendidikan Vokasi Universitas Brawijaya sekitar tahun 2005.

Dalam rangka mengembangkan SDM Fapet memberanikan diri untuk membentuk program magister (S2) ilmu ternak yang tergabung pada program pascasarjana Universitas Brawijaya pada tahun 1999.

Seiring berjalannya waktu SK Rektor tahun 2006 menyatakan bahwa pengelolaan program pascasarjana bidang studi monodisiplin diselenggarakan oleh fakultas masing-masing. Yang artinya pelaksanaan perkuliahan dan administrasi program S2 peternakan dilakukan di Fapet. Kemudian dua tahun berikutnya Fapet membuka program studi ilmu ternak program doktor (S3).

Pergantian program studi pada program sarjana (S1) menjadi bagian disahkan di tahun 2011. Yaitu menjadi bagian produksi ternak, bagian nutrisi dan makanan ternak, bagian teknologi hasil ternak, dan bagian sosial ekonomi peternakan.

Program Sarjana, Magister, dan Doktor Fapet UB telah mendapatkan Akreditasi “A” dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT). Serta bersertifikasi internasional bernama Asean University Network Quality Assurance (AUN QA) untuk Program Sarjana dan Program Magister.